1.หน่วยทหารรบพิเศษ--เป็น ทหารมือดีที่มีหน้าที่ในการ ทำลายเส้นทางที่ใช้เดินทัพ ฆ่าทหารสอดแนมและม้าเร็วส่งข่าว ซึ่งทหารกลุ่มนี้ต้องมีฝีมือมากเพราะต้องบุกเข้าไปในเขตกองทัพของข้าศึก มีจำนวน 10-20 คน

2.หน่วยจู่โจม--ใช้ในการ ปล้นค่ายทหารข้าศึกที่มีขนาดเล็ก เข่น กองลำเลียง ใช้โจมตีเพื่อให้ทัพข้าศึกยกพลออกจากฐานที่ตั้งแล้วถูกลวงให้เข้าไปอยู่ บริเวณคิลลิงฟิลด์ แล้วจึงถอนตัวออกจากบริเวณนั้น สมเด็จพระนเรศวรทรงเป็นหัวหน้าหน่วยเอง มีจำนวนทหาร 30-50 คน 

3.หน่วยแซบเปอร์หรือหน่วยก่อวินาศกรรม--เป็น หน่วยที่แฝงตัวเป็นเชลยหรือทหารหนีทัพ มีหน้าที่หลักในการลอบเผาทำลายค่ายและเสบียง รวมถึงเป็นไส้ศึกส่งข่าวเกี่ยวกับความเคลื่อนไหว หากหน่วยนี้ถูกข้าศึกจับได้จะต้องโดนตัวหัวเสียบประจานหน้าค่าย โดยหน่วยนี้ มีกองกำลังเล็กที่สุดคือมีจำนวน 1-5 คน 

4.หน่วยคอมมานโด--มี หน้าที่ในการสนับสนุนหน่วยจู่โจม มักไปตั้งทัพตามป่า และทหารกลุ่มนี้จะเป็นทหารหน้าช้างต้นที่คอยปกป้องพระองค์เวลาที่ทำศึก ยุทธหัตถี มีขนาด 100-500 คน

5.พลซุ่มยิง--เป็นหน่วย ทหารที่อยู่บนเชิงเทินค่ายที่มีหน้าที่ในการยิงปืนใหญ่ตีเมืองข้าศึก เป็นหน่วยทหารปืนคาบศิลา ซึ่งทหารกองธนูหน้าไม้มีไว้สำหรับการรักษาพระนครไม่ได้มีหน้าที่ในการเป็นพล ซุ่มยิงในสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช

6.ปืนใหญ่อัตตาจร--เป็น หน่วยสนับสนุนทหารราบ โดยมักจะเดินทัพเลียบๆบริเวณแม่น้ำ โดยมีการขนปืนใหญ่ลงในเรือสำเภาขนาดเล็ก ในบางครั้งพระองค์จะให้ทัพหน้าถอยร่นเพื่อให้ข้าศึกเข้ามาอยู่ในระยะยิง จนทัพข้าศึกแตกพ่ายไป 

7.หน่วยลาดตระเวนระยะไกล--มี หน้าที่ในการหาข่าวจากกองสอดแนมต่างๆ ทำลายกองทหารพม่าที่ออกมาหาเสบียง โดยมักจะแยกไปใน 4 ทิศของพระนคร แต่เมื่อมีศึกใหญ่ๆ หน่วยนี้จะเข้าร่วมรบกับทัพใหญ่ มีกำลังพล 200-500 คนซึ่งเป็นกองทหารม้า

8.ผู้ตรวจการหน้า--เป็น ผู้ที่ส่งคำบัญชาของสมเด็จพระนเรศวรไปยังผู้บัญชาทัพต่างๆ และมีหน้าที่ในการรายงานสถานการณ์ของกองทัพในขณะที่ออกรบ ถวายคำแนะนำเกี่ยวกับการรบและผลของการรบ  สามารถที่จะประหารคนได้ทุกระดับ หากมีการขัดคำสั่ง

9.กองสื่อสาร--เป็นหน่วย ที่คอยส่งข่าวและคำสั่งต่างๆตามที่พระองค์ได้ทรงบัญชาไปถึงแม่ทัพ ทำให้ข้าศึกไม่รู้การเคลื่อนทัพและการสั่งการของพระองค์ ซึ่งหน่วยนี้ทำให้แบบแผนการศึกเป็นไปอย่างทันการและได้เปรียบข้าศึกที่ใช้ การสื่อสารด้วยสัญญาณกลองหรือธง

หลักการสงครามของ พระองค์คือ ทำโดยไม่ให้ข้าศึกรู้ตัว ใช้การออกรบก่อน โดยไม่รั้งรอให้ข้าศึกมาโจมตี ซึ่งพระองค์จะรวบรวมกำลังพล ให้มากกว่าข้าศึก จากนั้นจึงทำการรบเฉพาะบริเวณตำบล โดนพระองค์ทรงเป็นผู้นำในทุกๆครั้งที่ได้ ทำการรบ และใช้กองกำลังทหารพิเศษในการรบแบบรวดเร็ว รวมถึงเป็นหน่วยซุ่มโจมตีไม่ให้ข้าศึกเข้าใกล้พระนครได้ ส่วนพระนครใช้กอง กำลังส่วนใหญ่ในการรักษา

          เป็นที่ประจักษ์ว่าการศึกครั้งที่สำคัญคือศึกยุทธหัตถี ซึ่งพระองค์จัดกองทัพตามแบบแผนที่ได้ทรงคิดขึ้นเอง ซึ่งในการรบครั้งนั้นข้อเสียเปรียบของไทยคือมีกองกำลังที่น้อยกว่าพม่า คือมีเพียง 75,000 คนเท่านั้น แต่พม่ามีมากถึง 240,000 คน โดยทัพของพระองค์แย่งเป็น 5 ส่วนอันประกอบไปด้วย กองหน้า กองหลัง กองหลวง ปีกซ้าย และปีกขวา ซึ่งแต่ละทัพจะรับมือกับข้าศึกพร้อมๆกันพร้อมทั้งแบ่งทัพของพม่าออกเป็น 5 ส่วนเป็นการแบ่งกำลังไม่ให้ทหารพม่ามารุมรบกับทหารไทย ในกรณีทัพหลวงของสมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถจะเป็นกองทัพที่คอยรับ มือกับทัพหลวงของพระมหาอุปราชา เนื่องจากว่าพระองค์ทรงมีความรู้ในการทำศึกของพม่าในครั้งที่เป็นตัวประกัน ที่กรุงหงสาวดีทำให้รู้กลศึก และสามารถจัดกองทัพได้เหมาะสมและได้ชัยชนะในที่สุด ซึ่งแผนผังรูปแบบของการจัดทัพเป็นดังรูป

 

          โดยการจัดทัพในครั้งนั้นพระองค์ทรงให้กองทัพของพระศรีไสยณรงค์กับพระราชฤทธา นนท์ที่ออกไปเป็นทัพหน้าที่ลำน้ำท่าคอยเลื่อนไปที่ดอนระฆังแทน ส่วนทัพหลวงซึ่งขณะนั้นก็มาถึงที่หนองสาหร่ายแล้ว และทรงบัญชาให้มีการเตรียมค่ายและวิธีการรบ ซึ่งจากการคาดการณ์ของพระองค์พบว่าจะต้องเกิดการปะทะขึ้นในระยะเวลา 1-2 วันเนื่องจากกองทัพค่อนข้างจะอยู่ใกล้กัน ทัพของพระองค์แบ่งเป็น 5 ทัพ ได้แก่         

ทัพที่ 1 เป็นกองหน้า-มีนายทัพคือพระยาสีหราชเดโชชัย ปีกขวาคือพระยาพิชัยรณฤทธิ์ ปีกซ้ายคือพระยาวิชิตณรงค์

ทัพที่ 2 เป็นกองเกียกกาย-มีนายทัพคือพระยาเทพอรชุน ปีกขวาคือพระยาพิชัยสงคราม ปีกซ้ายคือพระยารามคำแหง

ทัพที่ 3 เป็นกองหลวง-จอมทัพคือสมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถ ปีกขวาคือเจ้าพระยามหาเสนา ปีกซ้ายคือเจ้าพระยาจักรี

ทัพที่ 4 เป็นกองยกกระบัตร-นายทัพคือพระยาพระคลัง ปีกขวาคือพระราชสงคราม ปีกซ้ายคือพระรามรณภพ

ทัพที่ 5 เป็นกองหลัง-นายทัพคือพระยาท้ายน้ำ ปีกขวาคือหลวงหฤทัย ปีกซ้ายคือหลวงอภัยสุรินทร์

           ที่ตำบลหนองสาหร่ายตั้งกระบวนทัพเป็นรูปดอกบัว เรียกว่า ปทุมพยุหะ เลือกชัยภูมิครุฑนาม ซึ่งสาเหตุที่เลือกชัยภูมิรูปนี้ก็เพื่อใช้ในการข่มทัพข้าศึก         

            *ในวันแรม 1 ค่ำ เดือนยี่ สมเด็จพระนเรศวรมีรับสั่งกองทัพให้เตรียมตัวให้พร้อมสำหรับรับกับทัพใหญ่ของ ข้าศึกที่ได้เคลื่อนพลพ้นบ้านจรเจ้สามพันแล้ว โดยพระยาศรีไสยณรงค์ที่ได้รับคำสั่งให้ไปดูกำลังพลของข้าศึกเคลื่อนพลกลับ เข้ามา

            *ในวันจันทร์ แรม 2 ค่ำ เดือนยี่ สมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถได้ทรงเครื่องสำหรับทำศึก มีการผูกช้างพระที่นั่งที่ชื่อว่า พลายภูเขาทองขึ้นระวางกลายเป็นเจ้าพระยาไชยานุภาพซึ่งเป็นช้างทรงสมเด็จพระ นเรศวร โดนมีกลางช้างคือรามราฆพ ควาญช้างคือนายมหานุภาพ ส่วนช้างทรงของสมเด็จพระเอกาทศรถชื่อ พลายบุญเรือง ขึ้นระวางกลายเป็น เจ้าพระยาปราบไตรจักร กลางช้างคือหมื่นภักดีศวร ควาญช้างคือขุนศรีคชคง              จตุลังคบาทคือนายแวง